История
К началу XX века назрела необходимость в новом православном храме в районе Александрия (ныне Жверинас) на правом берегу реки Вилии (Нерис), где проживало около 2,5 тысяч. Ближайшим православным храмом была приходскаяАрхангело-Михайловская церковь на Снипишках, находящийся на значительном удалении. В то время в этом месте ещё не было моста через Вилию: деревянный мост соединил Александрию с городом только в 1901 году (по другим сведениям в1892 году), позднее был построен каменный мост.
Виленское Свято-Духово братство 5 октября 1897 года приняло решение о строительстве новой церкви. Храм строился и обустраивался на пожертвования частных лиц. Началом послужило крупное пожертвование в 5000 рублей архиепископа Холмского и Варшавского Иеронима (Экземплярский), который до 1898 года несколько лет занимал Виленскую кафедру. Ещё 5000 рублей разновременно пожертвовал архиепископ Виленский и Литовский Ювеналий (Половцев). Участок земли (размером в 6300 м2 и стоимостью более 50 тысяч рублей) для строительства православного храма безвозмездно выделил тогдашний землевладелец В. В. Мартинсон. По завещанию прах его покоится в ограде церкви.
Особенно значительные вклады в строительство внесли московский домовладелец И. В. Васильев и профессор Московского университета А. А. Крюков, приславшие на сооружение храма 40000 рублей.
На выделенные Свято-Духовым братством 10 тысяч рублей были начаты первоначальные работы по возведению храма. 14 октября 1899 года архиепископ Виленский и Литовский Ювеналий освятил место закладки церкви. Строительство церкви началось в 1903 году. Недостающие для возведения храма 21790 рублей отпустил Священный Синод.
Освятил церковь 1 июня 1903 года архиепископ Ювеналий. Незадолго до того переведенный в Вильну из Курска, владыка благословил новый храм списком с чудотворной Курской Коренной иконы Божией Матери «Знамения», почитавшейся главной святыней Курска. Помещённая на иконостасе слева от Царских врат, эта икона была, к сожалению, утрачена.
В 1948 году Патриарх Московский и всея Руси Алексий (Симанский) в благословение храму подарил другой список Курской-Коренной иконы, который был помещён на место утерянного в левом приделе в честь преподобномученицы Евдокии.
Ко времени освящения при церкви с 1901 года в соседнем доме действовала церковно-приходская школа. На территории храма были построено здание для детского приюта и оборудована библиотека с большим читальным залом. Первым настоятелем Знаменской церкви стал протоиерей Климент Смольский (1903—1907). Во время Первой мировой войны при Знаменском храме действовал приют для детей из бедных семей. В приюте содержались дети независимо от конфессиональной принадлежности (помимо детей из православных семей, были дети из семей старообрядческих и католических).
Со дня освящения Знаменской церкви богослужения не прерывались ни во время мировых войн, ни в советский период (по другим сведениям, в церкви не служили с сентября 1915 года до 1919 года, во время немецкой оккупации и при большевистском режиме). В 1946 году насчитывалось 400 постоянных прихожан. Официально приход был зарегистрирован в 1948 году. В 1956 году на средства, выделенные Московской патриархией, был проведён капитальный ремонт храма.
В 1990-х годах на собранные пожертвования были заказаны четыре новых колокола, отлитые на Воронежском металлургическом заводе (самый крупный весом 280 кг). По замыслу и эскизам протоиерея П. Мюллера (художника по мирской профессии) над главным престолом был смонтирован новый витраж и центральную часть церкви украсило паникадило в современном стиле.
В 2007—2010 годах храм капитально ремонтировался; были реставрированы кровля, заменены окна, стропила, балки. Одной из прихожанок из личных средств было пожертвовано около 11 тонн меди.
Настоятелем церкви с 1988 года является митрофорный протоиерей Пётр Мюллер. Его стараниями при храме действуют воскресная школа для детей и взрослых, Молодёжный музыкальный центр, благотворительное общество «Благоволение»